شرح ارجاعات ساختار سازمانی مرکز مدیریت حوزه­های علمیه به ترتیب ذیل می­باشد:

1.       مرکز نخبگان و استعدادهای برتر حوزه­های علمیه براساس مصوبه 980 شورای عالی حوزه­های علمیه فعالیت می­نماید؛ سطح سازمانی معاونت­های ذیل مرکز مذکور سطح 4 مدیریت، می­باشد.

2.       مسئول دفتر مدیر حوزه­های علمیه در حوزه مدیریت مستقر و جبران خدمات ایشان همتراز مدیریت­های سطح 4 خواهد بود.

3.       قائم مقام مدیر در امور حوزه­های علمیه استانی، توسط مدیر حوزه­های علمیه پیشنهاد و به تأیید شورای عالی حوزه­های علمیه، می­رسد.

4.       تعداد 4 پست سازمانی برای مشاوران مدیر حوزه­های علمیه در عرصه­های مختلف لحاظ می­شود؛ حداکثر سطح سازمانی مشاوران مذکور سطح 3 مدیریت می­باشد.

5.       اساسنامه مؤسسه انتشارات حوزه­های علمیه توسط مرکز مدیریت حوزه­های علمیه پیشنهاد و به تأیید شورای عالی حوزه­های علمیه می­رسد.

6.       ذیل دو مدیریت دفتر تدوین متون و منابع درسی حداکثر 5 کارشناس مسئول، فعالیت خواهند کرد.

7.       واحدهای سازمانی ذیل دفتر امور اجتماعی و سیاسی پس از بررسی­های مرکز مدیریت و دبیرخانه شورای عالی حوزه­های علمیه، پیشنهاد شده و به تصویب شورای عالی حوزه­های علمیه خواهد رسید.

8.       وظایف و حدود اختیارات مدیریت امور حقوقی دفتر موقوفات و منابع پایدار و منابع انسانی و پشتیبانی و امور حقوقی معاونت صیانت، توسط دفتر برنامه­ریزی و نظارت مشخص و پس از تأیید مدیر حوزه­های علمیه ابلاغ خواهد شد؛ این مدیریت به مدت حداکثر 5 سال، ذیل دفتر موقوفات و منابع پایدار، فعالیت می­نماید.

9.       مدیر مرکز رسانه و فضای مجازی، توسط مدیر حوزه­های علمیه پیشنهاد و به تأیید شورای عالی حوزه­های علمیه، می­رسد.

10.    مدیر اطلاع­رسانی و خبر(افق حوزه) توسط مدیر حوزه­های علمیه پیشنهاد و به تأیید شورای عالی حوزه­های علمیه، می­رسد.

11.    پست سازمانی مسئول پیگیری­های ویژه معاونت آموزش، در دفتر معاونت مستقر و جبران خدمات ایشان همتراز مدیریت­های سطح 4 خواهد بود.

12.    کتابخانه­های آیت­الله حائری^(ره)(مدرسه فیضیه) و مسجد اعظم ذیل معاونت پژوهش جانمایی می­گردند.

13.    مدیریت ساماندهی و ارزشیابی پژوهش و پژوهشگران حداکثر با 2 کارشناس مسئول و مجموعاً 4 کارشناس فعالیت می­نماید.

14.    «دفتر مطالعات و راهبری تعالی اخلاق و ترویج قرآن کریم و حدیث» ذیل معاونت تبلیغ و امور فرهنگی در سطح کارشناس مسئول، جانمایی شده و فعالیت خواهد نمود.

15.    مدیریت تربیت و هدایت مبلغان، نخبگان، گروه­ها و مؤسسات تبلیغی حوزوی ذیل معاونت تبلیغ و امور فرهنگی، حداکثر با 2 کارشناس مسئول فعالیت می­نماید.

16.    سطح سازمانی مرکز اسناد حوزه و روحانیت، مسئول دبیرخانه دائمی همایش­های حوزه و روحانیت،  بازرس ویژه مدیر حوزه­های علمیه،  مرکز راهبری اقتصاد مقاومتی،  مرکز آموزش­های کاربردی و مهارتی،  دفتر فقه معاصر، معاون علمی پژوهشکده مطالعات راهبردی حوزه و روحانیت، مرکز آموزش­های مجازی و غیر حضوری، دبیرخانه امور معرفتی معاونت تهذیب و تربیت، همتراز سطح 4 مدیریت موضوع ماده 7  مصوبه 953 شورای عالی حوزه­های علمیه می­باشد.

17. سطح سازمانی مسئول دفتر دبیرخانه شورای گسترش، مسئولین هماهنگی و نظارت مناطق چهارگانه و مسئول امور کارکنان واحدهای آموزشی غیروابسته قائم مقام مدیر در امور حوزه­های علمیه، دبیر علمی و مسئول اجرایی دبیرخانه دائمی همایش­های حوزه و روحانیت، مسئول صندوق توسعه منابع پایدار، مسئول امور اجرایی پژوهشکده مطالعات راهبردی حوزه و روحانیت، گروه­های علمی پژوهشکده مطالعات راهبردی حوزه و روحانیت، مسئولین کتابخانه­های آیت­الله حائری(ره)(مدرسه فیضیه) و مسجد اعظم، دبیرخانه­های ذیل معاونت پژوهش، ستادهای راهبری معاونت ارتباطات و امور بین الملل و دبیرخانه ساماندهی و هدفمندی مزایا معاونت امور طلاب و دانش آموختگان، همتراز سطح کارشناس مسئول می­باشند.