تولد و دوران کودکی:
حضرت آیت الله مرتضی مقتدایی در سیزدهم رجب ـ روز ولادیت امام علی(ع) ـ سال 1314 هجری شمسی در محله مسجد حکیم اصفهان چشم به جهان گشود. پدرش مرحوم آیة‌الله حاج میرزا محمود مقتدایی از بزرگان و دانشمندان مشهور اصفهان بود که از مرحوم آقاسید محمد نجف آبادی اجازه اجتهاد داشت و مدت کوتاهی از محضر مرحوم حاج شیخ عبدالکریم حائری ـ مؤسس حوزه علمیه قم ـ بهره برده بود و با امام(ره) و مرحوم آیة‌الله محقق داماد و مرحوم آیة‌الله سید احمد زنجانی جلسات مشترکی برپا نموده بود. جدش مرحوم ملامحمد باقر از زاهدان و عالمان عصر خود بود که در امامزاده اسحاق ـ برادر امام رضا(ع) ـ در پنج کیلومتری اصفهان مدفون است. هنگامی که برای تعمیر حرم امامزاده، قبر او خراب شد، جنازة او در حالی که کاملاً سالم و تازه بود، نمایان شد! مادر آیة‌الله مقتدایی نیز زنی پاکدامن و مؤمن و صبیّه مرحوم آیة‌الله العظمی حاج میرزا جمال الدین کلباسی بود. خانوادة آیة‌الله مقتدایی، زندگی ساده و بی آلایشی داشتند و از ویژگیهای پدرش این بود که هیچ گاه از وجوهات شرعی برای امرار معاش استفاده نمی‌کرد، با اینکه هر ماه مبالغ بسیاری از وجوهات را از مردم دریافت می‌کرد.
دوران تحصیل:
کودکی آیة‌الله مقتدایی، با استبداد رضاخان و مسأله کشف حجاب و ممنوعیت پوشیدن لباس روحانی، همزمان بود. البته پدر او جزو کسانی بود که در امتحانات رسمی آن دوره، شرکت کرده بود و اجازه تدریس و بر سر نهادن عمامه داشت؛ اما به دلیل ممنوع بودن حجاب برای زنان، با خانوادة خود به روستای «خوراسگان محله پزوه» رفت تا ضمن آزادی بیشتر، به رتق و فتق امور مردم نیز بپردازد. آیة‌الله مقتدایی در همان جا تحصیلات ابتدایی را آغاز کرد و پس از به پایان رساندن دوره ابتدایی، نزد پدر، شرح نصاب، جامع المقدمات، سیوطی، منطق کبری و بخشی از شرح نظام را خواند.
در سال 1331 وارد حوزه علمیه اصفهان شد و ادامة دروس مقدمات و دوره سطح را نزد بزرگان آن دیار فرا گرفت. دو سال هم در درس خارج شرکت کرد و در سال 1338 به حوزه علمیه قم عزیمت کرد. سبب عزیمت او به قم این بود که در تابستان، چند تن از طلاب فاضل حوزه علمیه قم به اصفهان آمده بودند و در حجرة آیة‌الله مقتدایی در مدرسه صدر سکونت داشتند. آنها پس از آگاهی از وضعیت درس و بحث طلبه جوان، او را به حضور در قم تشویق کردند و ویژگیهای درس امام(ره) را برای او برشمردند و بیان داشتند که دوره دوم خارج اصول و خارج مکاسب امام(ره) به تازگی آغاز شده است. این مژده، شور و شوق او را برای حضور در قم دو چندان ساخت.
در قم نیز در درس خارج امام(ره) و دیگر بزرگان شرکت نمود و در این میان، از تحصیل علوم عقلی نیز باز نماند. در سال 1340 نیز به کلاسهایی که شهید دکتر بهشتی برای آشنایی فضلای قم با علوم جدید، ازجمله فیزیک، شیمی، زبان انگلیسی بود، راه یافت. این کلاسها در شبهای پنج شنبه و جمعه و عصرهای جمعه برگزار می‌شد. آیة‌الله مقتدایی در طی این سالها از شرکت در دروس اخلاق و تهذیب نفس غافل نمی‌ماند و همواره پندهای عالمان و استادان خود را به گوش جان می‌سپرد.
استادان و دوستان:
آیة‌الله مرتضی مقتدایی در سالیان علم آموزی، با استادان بسیاری انس داشت. او که بخشی از مقدمات را نزد پدر خود آموخته بود، باقیماندة آن و بخشی از دروس سطح را نزد مرحوم حاج شیخ محمد حسن نجف آبادی، از شاگردان مرحوم آخوند خراسانی و نیز مرحوم آقای فیاض و شهید شمس آبادی فرا گرفت.
او منظومه را نزد مرحوم حاج میرزا رضا کلباسی و تفسیر، نهج البلاغه و اخلاق را نزد مرحوم حاج میرزا علی آقای شیرازی و خلاصة الحساب و تشریح الافلاک را نزد مجدالعلما فرزند مرحوم حاج شیخ محمدرضا نجفی مسجد شاهی فرا گرفت. همچنین مکاسب را نزد مرحوم آیة‌الله خادمی آموخت و دو سال نیز در درس خارج آن مرحوم شرکت نمود.
با ورود به حوزه علمیه قم، به درس خارج امام خمینی(ره) شرفیاب شد و همزمان در درس آیة‌الله‌العظمی بروجردی نیز شرکت می‌کرد. همچنین از درسهای خارج مرحوم محقق داماد و مرحوم گلپایگانی و مرحوم اراکی نیز بهره می‌برد. در بخش فلسفه نیز به درس اسفار مرحوم علامه طباطبایی می‌رفت.
آیة‌الله مقتدایی در سالهای تحصیل خود با بسیاری از فضلا دوست بود و به مباحثه علمی در زمینه‌های گوناگون می‌پرداخت که از جمله آن در اصفهان می‌توان آقایان حسن امامی، شیخ صفرعلی شریعت فلاورجانی، عبودیت، کمال فقیه ایمانی و در قم آقایان فاضل هرندی، مؤمن، طاهری خرم‌آبادی، مصلحی و الهی قمی را نام برد.
فعالیتهای علمی و فرهنگی:
آیة‌الله مرتضی مقتدایی، تاکنون فعالیتهای علمی و فرهنگی بسیاری را به انجام رسانده است. او از سالهای آغازین اشتغال به تحصیل در حوزه علمیه اصفهان، به تدریس دروس آموخته، می‌پرداخت و کتب دورة سطح و نیز سطوح عالی را بارها تدریس نموده است وی چند سال به تدریس خارج فقه در مدرسه مروی تهران و پس از آن در حوزه علمیه قم اشتغال داشته که این تدریس تاکنون ادامه دارد و از این رهگذر، طلاب و فضلای بسیاری تربیت شده‌اند که وجودشان، تداوم بخش راه اجتهاد در حوزه‌های علمی و عملی خواهد بود. همچنین وی تقریرات درسهای آیات عظام بروجردی، امام خمینی، محقق داماد و گلپایگانی را نگاشته است که تاکنون به چاپ نرسیده است.
آیة‌الله مقتدایی، پس از فوت پدر، هنگامی که با اصرار و استقبال اهالی «خوراسگان» مبنی بر حضور دائم در آن مکان مواجه شد، با صلاحدید امام(ره) در ایام تعطیلی به آنجا می‌رفت و به حل مشکلات دینی و دنیوی مردم می‌پرداخت. تأسیس صندوق قرض‌الحسنه حجة‌ابن الحسن العسکری(عج) با همت برخی دیگر، تأسیس مدرسه علمیه امام صادق(ع) و حوزه علمیه خواهران و ایجاد انجمن حمایت از ایتام از جمله خدمات وی در آنجا بود.
فعالیتهای سیاسی:
آیة‌الله مقتدایی در سنگرهای سیاسی گوناگونی در سالهای پیش از انقلاب و نیز پس از آن شرکت فعال داشته است. او آشنایی و انسش با امام در زمان تحصیل آغاز شد، هر صبح و عصر در درس آن مرد بزرگ حاضر می‌شد و نماز مغرب و عشاء را به امامت او می‌خواند. عشق و علاقة زائدالوصف او به امام(ره) و راه او باعث شد همواره اطاعت از او را بر خود واجب بشمارد و هیچ گاه از مسیر او که همانا مسیر واقعی اسلام است منحرف نشود.
آیة‌الله مقتدایی در موقعیتهای گوناگون به نشر اعلامیه‌ها و رسالة عملیه امام(ره) و قدردانی و تجلیل از او در سخنرانیها می‌پرداخت و در داستان رفراندوم شاه که علما، از جمله امام(ره) آن را تحریم نمودند، پیام امام(ره) را به علمای اصفهان، از جمله آیة‌الله خادمی اصفهانی و آقای ارباب رسانید که در پی آن، بازار اصفهان تعطیل شد.
از دیگر فعالیتهای مهم وی در پیش از انقلاب اسلامی، عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و شرکت در جلسات آن بود که حضور وی در آن زمان در این عرصه، شجاعت و اعتقاد راستینی را گواه است. امضای وی در زیر بسیاری از اعلامیه‌ها و بیانیه‌های مهم آن مرکز، به چشم می‌خورد.
با پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی در بهمن ماه 1357، حضور آیة‌الله مقتدایی در صحنه‌های سیاسی، کم رنگ نشد و وی با صلابت و شجاعت در عرصه‌های گوناگون، بویژه در قوه محترم قضائیه، به فعالیت پرداخت. در اسفند همان سال، یعنی کمتر از یک ماه پس از پیروزی انقلاب، با ابلاغ قضایی که برخی از اعضای جامعه مدرسین آن را صادر کرده بودند، معظم له بر قضاوت در دادگاههای انقلاب منصوب شد. در فروردین 1358 امام(ره) او را برای امر قضا به خرمشهر، آبادان و نیز ملایر و زنجان اعزام کرد. او همچنین در دادگاههای تهران و قم، به طور موقت، مشغول به کار شد.
برخی از سمت های وی پس از انقلاب به شرح زیر است:
1ـ قاضی دادگاههای انقلاب اسلامی؛
2ـ عضو و سخنگوی شورای عالی قضایی؛
3ـ ریاست دیوان عالی کشور؛
4ـ ریاست دادسرای دیوان عالی و دادستانی کل کشور؛
5ـ عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم؛
6ـ عضویت در شورای عالی حوزه علمیه قم؛
7ـ نمایندگی مجلس خبرگان رهبری در دورة دوم و سوم از استان اصفهان.
در کنار تمام این مسئولیتها، ایشان به تدریس دروس سطح و خارج نیز می‌پرداختند بگونه‌ای که اشتغال در مسئولیتهای اجرائی هیچگاه وی را از تدریس باز نداشته است.